Родился 15 мая 1933 года в Москве в семье военного разведчика. Окончил Ленинградское военно-инженерное училище им. А. А. Жданова. Служил в Советской армии, участвовал в подавлении венгерского восстания 1956 года.
После демобилизации — работал в различных периодических изданиях, в том числе в газете «Московский комсомолец». Литературной деятельностью начал заниматься с конца 1960-х годов. Был автором-составителем ежегодных сборников «Поединок» (издательство «Молодая гвардия»), редактором военно-приключенческого приложения к журналу «Сельская молодёжь» — альманаха «Подвиг». Автор романа «Четвёртый эшелон», включающего семь повестей («МЧК сообщает…», «Комендантский час», «Тревожный август», «Приступить к ликвидации», «Страх», «Четвёртый эшелон», «Сто первый километр») и рассказывающего о работе Отдела по борьбе с бандитизмом Московского уголовного розыска в годы Великой Отечественной войны (действие первой и последней повестей выходят за временные рамки Великой Отечественной; действие первой разворачивается в 1918 г., когда молодой Иван Данилов приходит на работу в ОББ ещё МЧК, а действие последней охватывает 1952-1953 годы), романов «Истина», «Осень в Сокольниках», «Полицейский», «Зло», «Бесшумная смерть» и др.
По сценариям Э. Хруцкого поставлены многие популярные художественные и телевизионные фильмы: «По данным уголовного розыска», «Приступить к ликвидации», «Последняя осень», «На углу, у Патриарших».
В 2012 году студией «Дед Мороз» и кинокомпанией «Квадрат» снят двадцатисерийный фильм «МУР» по произведениям Хруцкого.
В 2009 издательство «Терра» выпустило собрание сочинений Э. Хруцкого в 10 томах.
Третьим браком был женат на дочери Ивана Серова Светлане.
Скончался 2 июня 2010 года в Центральной клинической больнице от инфаркта.